Godehard Wüstefeld verbachte seine Kindheit in den 1950er Jahren in dem kleinen Dorf Mingerode im Kreis Göttingen. Nach dem Abitur und Kriegsdienstverweigerung ging er 1968 zum Physikstudium an die Freie Universität in Berlin. Am Hahn-Meitner-Institut, heute Teil des Helmholtz-Zentrums Berlin (HZB), spezialisierte er sich in den Grundlagen der Atom- und Kern-Physik (nicht zu verwechseln mit der Physik von Kernreaktoren). Mit Abschluss der Promotion wechselte er 1980 an das Forschungszentrum Jülich, wo er als Beschleunigerphysiker arbeitete. Nach einen zweijährigen Aufenthalt in Chicago/USA am Argonne National Laboratory ging er 1986 nach Berlin an den BESSY-Elektronenspeicherring, heute Teil des HZBs, wo er bis 2017 als Beschleunigerphysiker arbeitete.