Nach der Bundestagswahl 1998 wurde das Konzept für die dauerhafte Lagerung aller Arten radioaktiver Abfälle geändert. Sie sollten künftig an einen einzigen Standort verbracht werden. 1999 richtete das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit einen Arbeitskreis Auswahlverfahren Endlagerstandorte (AkEnd) ein, der Kriterien für die Suche nach einem Endlagerstandort für radioaktive Abfälle erarbeiten sollte. Neben wissenschaftlichen Kriterien für die geologische Eignung auf dem aktuellen Stand von Wissenschaft und Technik sollte der AKEnd auch ein Suchverfahren mit Öffentlichkeitsbeteiligung entwickeln.
Nachdem sich die rot-grüne Bundesregierung im Jahr 2000 mit den Energiekonzernen im Atomkonsens auf die Genehmigung von Schacht KONRAD als Atommüll-Endlager für schwach- und mittelradioaktive Abfälle politisch geeinigt hatte, wurde die gemeinsame Lagerung aller Arten radioaktiver Abfälle an einem Standort wieder aufgegeben und die Arbeit des AKEnd auf hoch radioaktive Abfälle beschränkt. Im Dezember 2002 legte der AkEnd seine Ergebnisse vor.